Vào thời Tiền Columbus, thổ dân châu Mỹ ở vùng đất nay là Costa Rica thuộc nhóm văn hóa trung gian giao thoa giữa các vùng văn hóa Mesoamerica và văn hóa Andes ở Nam Mỹ.

Đối với bán đảo Nicoya ở phía tây bắc Costa Rica thì đây là điểm cực nam của ảnh hưởng văn hóa Nahuatl trong khi thung lũng miền trung tâm của Costa Rica có bộ tộc Chibcha cư trú. Khi đoàn quân viễn chinh của Tây Ban Nha dưới sự chỉ huy của các chinh phục tướng quân (conquistador) mở cuộc xâm chiếm Trung Mỹ vào thế kỷ XVI thì các bộ tộc thổ dân châu Mỹ phiêu tán. Số còn lại phần bị đồng hóa hoặc tiêu diệt vì bệnh truyền nhiễm cùng sự cai trị hà khắc của người Tây Ban Nha.

Thời kỳ thuộc địa

Sang thời kỳ thuộc địa Tây Ban Nha, Costa Rica phụ thuộc Trấn Guatemala (Audiencia de Guatemala hay Capiténcia Géneral de Guatemala) với thủ phủ đặt ở Santiago de los Caballeros (nay là Antigua Guatemala). Khoảng cách xa xôi từ thủ phủ đến Costa Rica trong thời buổi giao thông thô sơ khiến Costa Rica hầu như bị lãng quên. Cũng vì đó mà xứ Costa Rica phát triển một cách đơn lập, thoát sự giám sát chặt chẽ của triều đình Tây Ban Nha. So với những thuộc địa khác thì Costa Rica kém phát triển và có thể nói là nghèo nhất vùng Trung Mỹ. Hơn nữa vì thổ dân địa phương thưa thớt nên di dân Tây Ban Nha đến định cư vùng Costa Rica không thể trưng dụng thổ dân, bắt họ phục dịch hoặc làm nô lệ. Vì thế mà trong khi chế độ nô lệ được tận dụng ở những thuộc địa khác để khai thác nông nghiệp, di dân Tây Ban Nha sang lập nghiệp ở Costa Rica phải tự canh tác trồng trọt. Trong hoàn cảnh tự lập của giai đoạn này, nền móng nước Costa Rica đã hình thành với những yếu tố để phát triển một xã hội bình đẳng so với những nước láng giềng.

Thời kỳ tự chủ

Sau khi thoát khỏi sự cai trị của Tây Ban Nha, Costa Rica là một trong sáu nước trong Cộng hòa Liên bang Trung Mỹ (tiếng Tây Ban Nha: República Federal de Centroamérica/Centro América) với thủ đô là Thành phố Guatemala. Liên bang này chỉ hiện diện trong thời gian ngắn ngủi rồi giải tán sau 15 năm vì thiếu đoàn kết. Kết quả là năm quốc gia độc lập ra đời; năm nước này (Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras và Nicaragua) tồn tại tới ngày nay và cả năm nước hậu duệ này đều lấy ngày 15 tháng 9 là ngày quốc khánh, đánh dấu thời điểm khi chính quyền thực dân Tây Ban Nha cáo chung trên dải đất Trung Mỹ.

Xét về mặt chủng tộc, ngoài sắc dân gốc Âu châu, Costa Rica còn có dân thiểu số gốc Phi châu. Họ là hậu duệ của nhóm di dân từ Jamaica đưa sang làm phu vào thế kỷ XIX để xây tuyến đường sắt từ Cao nguyên Trung phần xuống duyên hải biển Caribe và cửa bể Limón. United Fruit Company, một công ty Hoa Kỳ bỏ vốn ra xây những đoạn đường này để đổi lấy quyền sở hữu và khai thác đất đai trong vùng. Sự việc này tác động mạnh đến kinh tế Costa Rica, biến đất nước này, trước kia chủ yếu trông cậy vào cà phê là hàng xuất cảng chính nay còn cung cấp thêm các loại trái cây nhiệt đới, nhất là chuối cho thị trường thế giới.

Vào thế kỷ XIX, những người nhập cư người Ý và Người Trung Hoa cũng đã tới đây làm việc trên các công trường xây dựng.